«Налог-3» и налоговые льготы: что меняется для ОЭЗ и ТОР и почему за  этим стоит следить участникам «Сколково»

В конце июля СМИ сообщили, что Минфин планирует усилить контроль за налоговыми льготами резидентов особых экономических зон и территорий опережающего развития. Для анализа собираются использовать возможности АИС «Налог-3».

На первый взгляд, новость касается только ОЭЗ и ТОР. Однако она отражает более широкий подход государства: право на преференции все теснее связывается с данными о фактических инвестициях, занятости, выручке и других результатах бизнеса.

Участники проекта «Сколково» пока не включены в новые инициативы. Однако полезно понимать, как может работать такой контроль и какие зоны риска станут заметнее, если аналогичный механизм когда-нибудь распространят на их специальный режим.

2 основные инициативы

Первая связана с оценкой эффективности налоговых льгот. По сообщению ТАСС, Минфин подготовил изменения, которые должны повысить прозрачность предоставления преференций резидентам ОЭЗ и ТОР. Речь идет об аналитической оценке государственной поддержки с помощью данных АИС «Налог-3».

Вторая инициатива – обязательный налоговый мониторинг для части резидентов ОЭЗ. Она оформлена отдельными законопроектами, внесенными в Госдуму 31 июля 2026 года. Перейти на мониторинг предлагается резидентам ОЭЗ, которые не относятся к субъектам МСП, в течение двух лет после заключения соглашения об осуществлении деятельности. Отказ или досрочное прекращение мониторинга сможет стать основанием для расторжения соглашения. Предполагаемая дата вступления поправок в силу – 1 марта 2027 года, если они будут приняты.

Как «Налог-3» может контролировать льготы резидентов ОЭЗ и ТОР

АИС «Налог-3» – единая информационная система ФНС, которая принимает, обрабатывает и анализирует сведения налоговых органов. В ней объединяются декларации, бухгалтерская отчетность, данные о контрагентах, результаты налогового контроля и другие информационные ресурсы. Описание АИС «Налог-3» на сайте ФНС.

На базе этой инфраструктуры Минфин и ФНС создали аналитическую систему «Эффективность льгот». Она позволяет оценивать не только размер предоставленной преференции, но и ее экономический результат на уровне конкретной компании.

В анализ могут попадать:

• объем выручки и ее динамика;
• капитальные вложения;
• численность сотрудников и фонд оплаты труда;
• расходы на исследования и разработки;
• сумма налоговой и неналоговой поддержки;
• выпадающие доходы бюджета;
• финансовые показатели компании;
• налоговые риски и результаты контрольных мероприятий;
• сопоставление показателей резидента со среднеотраслевыми значениями.

ФНС прямо указывает, что система дает возможность оценить, привели ли льготы к росту инвестиций, занятости и научных разработок.

Для бизнеса это означает переход от формальной проверки статуса к анализу экономического содержания проекта. Такой подход позволяет оценивать не только формальное наличие права на преференцию, но и настоящие экономические результаты ее применения – инвестиции, занятость, выручку и другие показатели

При этом сама АИС не отменяет льготу и не лишает компанию статуса. Система выявляет отклонения и формирует аналитическую основу для запросов, контрольных действий и решений уполномоченных органов.

Что изменит обязательный налоговый мониторинг

Налоговый мониторинг – отдельная форма налогового контроля. Компания предоставляет ФНС доступ к своей информационной системе или витрине данных, а взаимодействие происходит в электронной форме через интеграционную платформу.

Инспекция получает возможность регулярно сопоставлять:

• налоговые декларации и бухгалтерские регистры;
• первичные документы и проводки;
• договоры, акты, универсальные передаточные документы и счета;
• сведения о контрагентах;
• расчеты по налогу на прибыль, НДС, имущественным налогам и страховым взносам;
• операции со связанными организациями;
• распределение доходов, расходов и активов между льготируемой и иной деятельностью.

Такой контроль позволяет выявлять расхождения на более раннем этапе, чем при обычной выездной проверке. Более 70% участников налогового мониторинга уже используют интеграционную платформу, а количество компаний в режиме в 2026 году достигло 870.

Для резидента ОЭЗ основными объектами внимания могут стать:

• наличие права на льготу в конкретном налоговом периоде;
• правильность применения пониженных ставок и освобождений;
• соответствие имущества условиям преференции;
• раздельный учет льготируемой и иной деятельности;
• сделки с взаимозависимыми лицами;
• реальность капитальных вложений;
• расхождения между соглашением, отчетностью управляющей компании и налоговыми данными.

Законопроекты предлагают разрешить передачу управляющей компании ОЭЗ отдельных сведений о налоговом мониторинге, составляющих налоговую тайну, в том числе информации о его досрочном прекращении. Для этого вводится специальное исключение из режима налоговой тайны. Таким образом, налоговый контроль планируется напрямую связать с сохранением соглашения резидента.

Распространяются ли инициативы на участников «Сколково»

Нет. Пока что ни обязательный налоговый мониторинг, ни последствия отказа от него не распространяются на участников проекта «Сколково».

Причина заключается в различии правовых режимов. Резидент ОЭЗ действует в соответствии с Федеральным законом № 116-ФЗ, а статус участника проекта «Сколково» регулируется Федеральным законом № 244-ФЗ. Участник проекта не является разновидностью резидента ОЭЗ.

Резиденты ТОР по Федеральному закону № 473-ФЗ также не включены в законопроекты об обязательном мониторинге. Сейчас отдельные категории организаций, включая резидентов ОЭЗ и ТОР, могут добровольно вступать в этот режим без соблюдения общих суммовых критериев, но это право, а не обязанность.

Чтобы сделать налоговый мониторинг обязательным для участников «Сколково», потребовались бы отдельные поправки в НК РФ и Федеральный закон № 244-ФЗ либо прямое включение таких компаний в круг обязанных лиц.

Поэтому непосредственный правовой риск для участников проекта сейчас отсутствует. Однако возможный механизм контроля уже понятен.

Что «Налог-3» потенциально увидит у участника «Сколково»

Если аналогичный режим распространится на «Сколково», первым объектом проверки станут налоговые льготы участника:

• освобождение от НДС;
• освобождение от налога на прибыль;
• льгота по налогу на имущество;
• правильность применения тарифа страховых взносов;
• момент возникновения и прекращения права на преференции;
• соблюдение установленных НК РФ ограничений.

Система сможет непрерывно сопоставлять статус компании, выручку, прибыль, декларации, расчеты по взносам и бухгалтерские данные. Ошибочная дата начала применения освобождения, превышение предельных показателей или несвоевременное восстановление налогов будут выявляться быстрее.

Более сложная ситуация возникнет, если будет организован обмен данными между ФНС и управляющей компанией проекта – Фондом Сколково. Тогда можно будет сравнивать годовую отчетность участника с бухгалтерской базой, договорами и первичными документами.

К основным рискам относятся:

1. Расхождения между отчетом и учетом

Выручка, расходы, численность сотрудников или сведения о проектах в отчетности для Фонда не должны противоречить декларациям и бухгалтерским регистрам.

Даже техническая разница в классификации операций может привести к запросам и необходимости восстанавливать первичные документы.

2. Непрофильная выручка превышает 30%

Продажа товаров, посреднические услуги, аренда, доставка и другие поступления без доказанной связи с исследованиями, разработками и коммерциализацией могут вызвать вопросы о содержании деятельности компании.

Риск особенно высок, если назначение операции не следует из договора, технического задания, актов и результата работ.

3. Слабая договорная база

Общие формулировки вроде «консультационные услуги» или «разработка программного обеспечения» не позволяют понять, какое отношение сделка имеет к инновационному проекту.

В условиях цифрового контроля связь сделки с инновационным проектом потребуется подтверждать техническими заданиями, отчетами, версиями продукта, репозиториями, актами испытаний и документами о передаче результатов интеллектуальной деятельности.

4. Операции с взаимозависимыми лицами

ФНС сможет увидеть ситуации, когда сотрудники, разработчики, права на РИД или основные расходы сосредоточены в другой компании группы, а участник проекта получает выручку и использует льготы.

Это не означает автоматического нарушения, но может потребовать пояснений о деловой цели операций и собственном вкладе участника

5. Ошибки применения налоговых льгот

Неверная дата начала или прекращения освобождения, неподтвержденная льгота по имуществу, неправильный тариф страховых взносов или несвоевременное восстановление налога могут повлечь доначисления, пени и мотивированное мнение ФНС.

При этом «Налог-3» не сможет самостоятельно лишить компанию статуса участника проекта. Такое решение возможно только в установленной Федеральным законом № 244-ФЗ и правилами проекта процедуре.

Что произошло с льготами Магаданской ОЭЗ

Магаданская ОЭЗ показывает, что специальный налоговый режим может быть пересмотрен не только из-за нарушений его участников.

С 1 января 2026 года Федеральный закон № 147-ФЗ отменил отдельные преференции участников Магаданской ОЭЗ:

• пониженную ставку по налогу на прибыль;
• понижающий коэффициент 0,6 при расчете НДПИ.

Одновременно № 147-ФЗ снял запрет на применение инвестиционного налогового вычета. Отдельным Федеральным законом № 132-ФЗ была создана правовая основа для формирования ТОР на территории Магаданской области с сохранением возможности применения процедуры свободной таможенной зоны. Поэтому речь идет не о полном прекращении поддержки, а о переходе от широких статусных льгот к более адресной модели.

Решение не было представлено как санкция за нарушения конкретных резидентов. Основанием стала оценка бюджетной эффективности режима.

По данным анализа Минфина и ФНС, с 2017 по 2022 год объем выпадающих доходов бюджета по участникам Магаданской ОЭЗ вырос примерно с 2,2 до 4,3 млрд рублей. Система сопоставляла этот показатель с инвестициями, занятостью, выручкой, прибылью и другими результатами компаний.

Магаданский случай нельзя считать прямым прецедентом для «Сколково»: режимы основаны на разных федеральных законах, а отмена льгот потребует законодательных изменений. Но этот пример показывает, что преференции могут пересматриваться, если системная оценка выявляет высокую стоимость поддержки или возможность заменить ее более адресным механизмом.

Что участникам «Сколково» стоит сделать уже сейчас

Ждать появления обязательного налогового мониторинга не нужно, но заранее стоит:

1. Сверить годовые отчеты для Фонда с бухгалтерской и налоговой отчетностью.
2. Выделить в учете профильные и иные доходы, расходы, активы и сотрудников.
3. Проверить договоры на наличие понятной связи с исследованиями, разработками и коммерциализацией.
4. Собрать доказательства собственного вклада в разработку и прав на ее результаты.
5. Проанализировать сделки с взаимозависимыми лицами и распределение функций внутри группы.
6. Проверить даты, основания и расчеты по каждой используемой налоговой льготе.
7. Убедиться, что экономические показатели проекта можно подтвердить первичными документами, а не только презентациями и отчетами.

Вывод

Законопроекты пока не распространяют обязательный налоговый мониторинг на участников проекта «Сколково» и не вводят такую обязанность для резидентов ТОР.

Адресат предлагаемых норм – резиденты ОЭЗ по Федеральному закону № 116-ФЗ, за исключением субъектов МСП. Для «Сколково» риск пока носит потенциальный характер: аналогичный механизм потребует отдельных поправок в НК РФ и Федеральный закон № 244-ФЗ либо прямого включения участников проекта в круг обязанных лиц.

Однако направление регулирования уже просматривается. Государство переходит от проверки формального права на льготу к сопоставлению ее стоимости с фактическими инвестициями, разработками, занятостью и коммерческими результатами. Поэтому компаниям важно не только соблюдать формальные требования, но и быть готовыми подтвердить экономическое содержание проекта данными учета, договорами и первичными документами.